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在Windows XP操作系统下，Windows messenger的语音聊天功能无法联接，而一些其它即时语音聊天软件则没有此类问题，如Yahoo Messenger甚至更早的MSNMessenger。还有用户无法保存对Windows XP资源管理器窗口浏览模式的设置，导致用户每次打开资源管理器时都不得不重新进行设置。工具条提示栏中的提示信息无法突出显示。有用户报导甚至Windows升级程序本身也存在问题，有时用户已经升级了某个补丁，而升级程序却不能记忆。
此外Windows XP在关机过程中有时也会出现死机现象，而且与以往版本相同的是Windows XP仍然没有完全解决蓝屏死机的问题，当用户运行一些与系统不兼容的驱动程序或应用程序时，操作系统就有可能自动重新启动。使用Outlook Express的用户在系统从老Windows操作系统升级至Windows XP系统时会发现他们的收件箱未能成功升级。虽然原有收件箱的内容仍然保留在硬盘上，但用户只能手功将信息转移至当前保存位置，或者对OutlookExpress进行重新设置，搜索保存在硬盘上的原有信息。
Windows XP主要问题详见下表： 程序 问题 修补
光盘刻录 使用Windows XP系统刻录的光盘在Windows95/98系统操作环境或是在MP3播放器上无法读取或丢失部分文件或文件夹。 可升级补丁
电源管理 不支持Pentium III和Athlon的CPU电源管理功能，导致使用这两种类型CPU的笔记本电脑能耗消耗较大。 可升级补丁，详情请见相关链接：
PentiumIII
Athlon
关机 系统关机过程中有时在屏幕显示"Saving your Settings"（保存设置）的信息时会出现死机现象。 可从Windows升级产品目录中获得升级补丁。从StartàAll ProgramsàWindows Update中选择PersonalizeWindows Update，点击Display the Link。
AOL 6.X 某些版本与Windows XP不兼容 升级至AOL 7.0或升级至可兼容的AOL 6.X版本
Ghost 2001 与Windows XP不兼容 升级至Ghost 2002
McAfee VirusScan杀毒软件 与Windows XP不兼容 对于版本号在4.5至5.21之间的该套软件，从Windows升级库中下载兼容补丁包。版本号更早的程序必须要升级至6.0X
Outlook Express 当老版本的Windows操作系统升级至Windows XP后，文件及设置转移向导程序可能丢失统计数据或原有统计数据被新数据覆盖。如果在Windows9X/Me系统上运行Windows XP的Outlook Express程序，信息存储功能可能失效。 可升级补丁
PowerQuest Drive Image 与Windows XP不兼容 升级至PowerQuest Drive Image 5.0版本
PowerQuest PartitionMagic 与Windows XP不兼容 升级至PowerQuest PartitionMagic 7.0版本
QuickTime 5 程序无法自动播放内嵌在网页中的关联电影文件 从Apple网站下载IE 6兼容插件。
远程协助 当系统需要的协助超过一个网络连接（如有一个网络适配器和一个调制解调器）且使用个人防火墙时，远程协助可能失效。 升级补丁 |
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